Programa usado MKVToolNix GUI baixe aqui.

MKVToolnix é um conjunto de ferramentas de código aberto para Windows, Mac, Linux e outras plataformas UNIX. Com a ajuda destas ferramentas, você pode fiscalizar, criar, alterar, unir e dividir o conteúdo de arquivos de vídeo no formato Matroska (MKV).

1 – Adicione o arquivo que queira remover o áudio.

2 – Desabilite o áudio desejado.

3 – Escolha a pasta de destino.

4 – Clique em “Start Multiplexing”

Em poucos minutos está concluído.

Vídeo Aula para auxiliar;